Arheoloogiakogu
Arheoloogiakogus hoitakse arheoloogiliste kaevamiste, inspektsioonide ning juhuleide muinasajast, keskajast ja uusajast. Kogu vanimad Eesti aladelt pärinevad esemed on Kunda Lammasmäelt välja kaevatud luust ahinguotsad ja tuurad. Keskaegse materjali seas domineerivad Lihula piiskopilinnuse ja alevi kaevamisleiud. Kõige enam leidub kogus viikingiaegseid ja varakeskaegseid esemeid Lääne-Eesti muististelt. Lisaks Eesti materjalile on kogus ka leide Läti, Venemaa, Kaukaasia, Taani, Saksamaa ja Prantsusmaa aladelt. Geograafiliselt eksootilisemad leiud on tulekivikillud Austraaliast.Kogu on heaks uurimisallikas erineva tasemega uurijatele alates gümnaasiumiastme uurimistöödest ja üliõpilastöödest kuni monograafiliste teadustöödeni, samuti oluliseks infoandjaks taaskehastumis- ja folkloorsete sugemetega liikumistega seotud praktikatele.
Dokumentaalmaterjalide kogu
Dokumentaalmaterjalide kogu sisaldab 324 fondi 14. sajandist kuni tänapäevani. Nende seas on Eestimaa kubermangu (Põhja-Eesti) mõisa-, perekonna- ja ühingute fondid; 17. -19. sajandist kaartide ja plaanide kollektsioon 17. -19. sajandist, 16.-17. sajandi läänikirjad ja valitsejate privileegid linnadele; autograafide kollektsioon. Samuti kuuluvad kogusse materjalid kooli- ja kultuuriajaloost, mälestused ja isiklikud dokumendid II maailmasõja ajast ning sõjajärgsetest repressioonidest.Kogu on oluliseks uurimisallikaks baltisaksa ajaloo ja 19. sajandi ning 20. sajandi alguse kultuuriloo ning riikluse uurimiseks.
Dokumentaalmaterjalide kogusse on väga odatud riigitegelaste ning Eesti sotsiaalses ja poliitilises elus oluliste sündmuste materjalid.
Filmimuuseumi kogu
Filmimuuseumi kogus säilitatakse esemeid ja dokumentaalseid materjale kultuslikuks muutunud kui ka uuemate Eesti mängu-, anima- ja nukufilmide kohta ning filmiinstitutsioonidega seotud esemelisi ja dokumentaalseid materjale. Kogus säilitakse filmindusega seotud fotosid, filmiplakateid, rõivaid ja rekvisiite. Filmi tegemise poole pealt kuuluvad kogusse stsenaariumid, filmitehnika, maketid ning ka filmide turundamisega seotud materjalid. Kogusse kuuluvad veel filmiga seotud asutuste meened, fotod nii filmivõtetest kui filmiga seotud üritustest.Kogu sobib allikmaterjaliks neile, kes soovivad uurida filmi tegemise protsessi ning Eestis tegutsenud filmiga seotud institutsioone.
Kuna Filmimuuseum on alles oma kogu loomas, siis on esemeline ja dokumentaalne materjal teretulnud.
Fotode ja negatiivide kogu
Fotode ja negatiivide kogusse kuuluvad klaasnegatiivid, negatiivid, üksikfotod ja albumid ning digikujutised 19. sajandi lõpust tänapäevani. Tegemist on ühe suurima varasemat fotograafiat käsitleva koguga Eestis. Nii foto- kui kultuuriajalooliselt on väärtuslikud Ch. Borchardti ja Bernhard Laisi ning ka eestlastest fotograafide – R. Sachker, H. Tiidermann, H. Christin jpt tööd. Negatiivide kogu hinnalisemaks osaks on tänaseks hävinenud paikade jäädvustused, nt vendade Parikaste kogu (pildistused üle Eesti 1900.-30. aastatel) ja Ivar Vilde negatiivikogu (Tallinna pildistused 1960.-80. aastatel), Johannes Koitmetsa slaidikogu 1936.-44. aastatest ja Eestis haruldased klaasdiapositiivid - autokroomid 1910.-20. aastatest. 20. sajandist kuuluvad kogusse fotod ja negatiivid, mis kajastavad Eestiga seotud riigitegelasi, rahvusvahelisi suhteid. Olulise osa kogust moodustab Eesti alal tegutsenud ettevõtete materjal.Fotode ja negatiivide kogu annab võimaluse illustreerida erinevaid sündmusi 19. sajandi keskpaigast kuni 20 sajandi eelviimase veerandini. Kogu on hea allikas Eesti majandusajaloo uurimiseks, samuti Eesti varase fotograafia uurimiseks.
Kultuurilooline kogu
Kultuuriloolises kogus säilitatakse esemeid nii argielust kui ka poliitilistest sündmustest. Kogu vanimad esemed on pärit hiliskeskajast ja 19. sajandist, kuid valdav osa kogust pärineb 20. sajandist. Kogus leidub esemeid, mis iseloomustavad erinevate ajastute argi- ning tarbimiskultuuri. Suur osatähtsus on Eesti vabariigi aegse kaubandust ja tööstustoodangut peegeldavatel esemetel. Kogus on 20. sajandi avaliku elu tegelastega seotud esemeid, organisatsioonide ja seltside atribuutikat. Kogu uuema osa moodustavad nüüdisaja poliitiliste sündmuste, riiklike kampaaniate ja kodanikuliikumise materjalid.Kogus olevad esemed sobivad hästi nii uurimisobjektideks, näituseeksponaatideks kui ka illustreerivaks materjaliks trükistes.
Etnograafiakogu
Etnograafia kogu koosneb põhiosas Põhja-Eesti päritolu materjalidest ning sisaldab nii väärismetallist ehteid, puidust ja metallist tööriistu kui ka tekstiili ja keraamilisi esemeid. Kollektsiooni vanimad esemed on arheoloogiliste juhuleidudena saadud uusaegsed hõbeehted. Vanim tekstiilese on pärit 18. sajandist. Võrdlemisi ülevaatlikult on esindatud rahvarõivad, mille hulgas on ka haruldusi (nt hiiu seppelid, naiste pruuni tikandiga käised). Etnograafiakogusse kuulub ka savitöönduse kollektsioon.Mööblikogu
Mööbli kogus säilitatakse esemeid, mis on seotud Eesti kultuuri ja mööblitööstuse ajalooga. Vanimad museaalid pärinevad 17. sajandist, uuemad 1980. aastatest. Omaette kollektsiooni moodustavad Lutheri vabriku toodangu näidised 19. sajandi lõpust kuni vabriku natsionaliseerimiseni 1940. aastal. Kõige paremini on esindatud istemööbel, terviklikud mööbligarnituurid on pärit peamiselt 1920.–1930. aastatest. Leidub ka Eesti erinevate kultuuri- ja riigitegelastega seotud esemeid ning esinduslikke näidiseid 20. sajandi alguses mõisates, Kadrioru ja Oru lossis kasutatud mööblist.Kunstikogu
Kunstikogu koosneb kolmest kollektsioonist — graafika, maal ja skulptuur. Suurim neist on graafikakogu, mille valdava osa moodustavad baltisaksa kunstnike tööd 18. sajandi lõpust ja 19. sajandist. Vanimad taiesed pärinevad 16.-17. sajandist, mõnevõrra rohkem töid on 18. sajandist, eriti selle lõpust. Valdava osa kogust moodustab 19. ja 20. sajandi kunst. Maalikollektsioonis on arvukalt nõukogude ajast pärinevaid ajaloolise süžeega teoseid eesti autoritelt, mis kujutavad 13. sajandi alguse vabadusvõitlust, revolutsioonilisi sündmusi ja elu nõukogude tagalas.Skulptuurikollektsioonis on suur osakaal nõukogude perioodil hinnatud partei- ja ühiskondliku elu tegelaste skulptuuridel.
Kogu on väärtuslik allikmaterjal baltisaksa kunsti ning nõukogudeaegse propagandakunsti uurimisel ning eksponeerimisel vastavateemalistel näitustel ja publikatsioonides.
Numismaatikakogu
Numismaatikakogus säilitatakse münte, medaleid, žetoone, paberraha ja väärtpabereid. Kogus on muinasaja lõpu, keskaegseid ning uusaegseid aarde- ja mündileide. Kogu sisaldab ka uusima aja materjali, nt Vene müntide kollektsiooni. Medalikollektsioonis on hästi esindatud Eesti medalid nii Teise maailmasõja eelsest kui ka järgsest perioodist. Paberrahadest on väärtuslikumad 18.-19. sajandi Vene jt riikide kupüürid. Haruldasi ja hinnalisi eksemplare leidub ka Eesti Vabariigi paberrahade seas.Kogu on uurimisallikas erineva tasemega uurijatele alates üliõpilastöödest kuni monograafiliste uurimusteni. Kogu suurim juurdekasv tuleneb ajaloomuuseumi teadurite koostööst Muinsuskaitseametiga
Pitsatite ja pitserite kogu
Pitsatite ja pitserite kogus säilitatakse pitsateid, pitsereid, stampe ning koopiad keskajast tänapäevani. Kogu vanima osa moodustavad keskaegsed pitsatid, kaelaskantavad varakeskaegsed ametpitsatid ning vappidega isikupitsatid. Kogu sisaldab suhteliselt täielikke kiriku-, seltside, linnade, Tartu ülikooli eri teaduskondade pitserite kogumeid. Samuti üliõpilaskorporatsioonide, klubide jms pitsereid, erinevate elukutsete pitsereid ja pitsateid. Leidub ka initsiaal- ja monogrammpitsereid ja -pitsateid ning mitmesuguste tegevuse lõpetanud nõukogude asutuste pitsateid okupatsiooniajast. Pitseritest on enam Eesti-, Liivi-, Saare- ja Kuramaa rüütelkonda kuulunud isikute pitserid.Kogus leidu huvipakkuvat kõigile, kes uurivad baltisakslust ning Eestist tegutsenud institutsioonide ja valitsusasutuste tegevust 19. sajandist tänapäevani.
Relvakogu
Ajalooliste relvade kollektsioon on Eesti suurim omalaadne – üle 2700 eseme. Kogu sisaldab külm- ja tulirelvi, turviseid ja muid sõjapidamisvahendeid 13. sajandist kuni tänapäevani. Relvakogu uhkuseks on 16.-17. sajandi turviste ja kiivrite kollektsioon ning 17.–20. sajandi jahipüsside kogu. Samuti on hästi esindatud 19. ja 20. sajandi käsitulirelvad. Keskaegse relvastuse osakaal kollektsioonis on väiksem, kuid ka seal leidub haruldusi – näiteks 13. sajandist pärinev jalaväelase kiiver või siis godendag-tüüpi sõjanui 14. sajandist.Tekstiilikogu
Tekstiilikogusse kuuluvad tekstiilesemed, aksessuaarid, jalatsid, olmetekstiil ja vormirõivastus. Vanimad esemed tekstiilikogus pärinevad 17. sajandist, näiteks feldmarssal Fabian von Ferzeni rõivad, sõjaväelipud, preestri ornaat Käina kirikust.Tekstiilikogusse kuuluvad järgmised kollektsioonid: lipud ja loosungid; vaibad; käsitöö ja olmetekstiil; rõivad – pesust kuni pealisriieteni koos aksessuaaridega, sh kübarad, kotid, jalanõud, portfellid; Tallinna Moemaja kollektsioonid 1980. aastatest ja 1990. aastate algusest; mundrid alates 18. sajandi algusest kuni tänapäevani; militaarne atribuutika ja tsiviilvormid.
Kogus leiduvad esemed moodustavad hea baasi moe ja käsitööga tegelevate õppeasutuste praktikaks ning temaatiliste näituste koostamiseks.
Kogusse on oodatud meeste argi- ja pidurõivad.
Trükistekogu
Trükistekogu koosneb kaheksast kollektsioonist. Arhiivraamatukogu sisaldab rariteetseid või kultuurilooliselt tähtsaid raamatuid. Kalendrikollektsiooni vanimad eksemplarid pärinevad 18. sajandist, enamik küll 20. sajandist. Pisitrükiste kollektsiooni kuuluvad valdavalt nõukogude ajast pärinevad kutsekaardid, reklaamlehed ja –voldikud ning nüüdisaegsed pisitrükised. Müürilehtede ja plakatite kollektsioon sisaldab poliitilisi, propaganda- ja reklaamplakateid, teatrikuulutusi, valimisreklaami jm alates 19. sajandi lõpust. Ajalehtede ja ajakirjade kogud sisaldavad ajakirjandusväljaannete üksiknumbreid, olulisemaid või pöördelisemaid sündmusi kajastavaid ajakirjandusväljaandeid. Kogud sisaldavad haruldasi asutuste siselehti, lisasid, keelatud numbreid, päevalehti 1917.-1918. aastast jms.Kogu on hea allikabaas trükidisaini ajaloo uurimiseks.
Tarbekunstikogu
Kogus säilitatakse klaasist ja portselanist esemeid, mis on seotud Eesti poliitilise ja tööstusajaloo ning kultuurilooga. Kogu vanimad klaasesemed on 17. sajandil Hiiumaal tegutsenud Hüti klaasikojas valmistatud pokaalid ja Pühalepa kiriku liivakell. Lisaks neile on kogus ka 1960. aastatel Eesti esimeste klaasikodade asukohtades läbiviidud arheoloogiliste kaevamiste leiud. Klaasist esemetest moodustavad enamuse 20. sajandil valmistatud esemed. Tööstusettevõtetest on arvukaimalt esindatud Meleski ja Johannes Lorupi klaasivabrikute ning Tarbeklaasi toodang. Portselanesemetest on arvukalt esindatud 1920.–1930. aastatel Tallinnas tegutsenud Nikolai Langebrauni ettevõtte toodang.Kogu on hea allikabaas 20. sajandi alguse Eesti tööstuse uurimiseks.
Võõretnoloogia kogu
Kogu koosneb suures osas baltisaksa meresõitjate ja siinsete kollektsionääride poolt 19. sajandil kogutud esemetest. Geograafiliselt on esemeid Austraaliast, India ookeani väikesaartelt, Kamtšatkalt, Alaskalt, Siberist ja mujalt. Väikese lisana kuulub kogu hulka ka Egiptuse, Kreeka ja Rooma esemete kollektsioon. Kollektsiooni üheks rariteetsemaks osaks on Siberi ja Põhja-Ameerika väikerahvaste olmeesemed – kalanahast kasukad, luust lauanõud ja mänguasjad jpm. Ühe huvitava osa moodustavad 19. sajandil baltisaksa maadeuurijate ja rännumeeste poolt kogutud eksootilised relvad Lähis- ja Kaug-Idast ning Aafrikast.Kogu on hea allikabaas 19. sajandi maadeavastuste uurimiseks.
Rinnamärkide kogu
Kogust ligi poole moodustab nõukogude perioodi märgitoodang. Lisaks on kogus maailmasõdadevahelise Eesti Vabariigi märke ja erinevaid Tsaari-Venemaa rinnamärke.Veel on kogus sadakond mujal välismaal toodetud märki, mõnikümmend märki Eesti taasiseseisvumisest ja sellele järgnevast taastatud omariikluse ajast.
Temaatiliselt moodustavad kogust suurima rühma laulupidude ja mitmete laulu-mänguseltside märgid, aga ka nõukogude perioodil massiliselt toodetud suveniirmärgid ning NSV Liidu sõjalised eraldus- ja teenetemärgid.
Kogus sisalduvad märgid on hea materjal illustreerimaks erinevatel aegadel tegutsenud institutsioonide ja kodanikuliikumiste tegevust.